Кратко процесс настройки службы автообнаружения для cross-forest сценария описан тут. Вкратце – мы используем командлет Export-AutoDiscoverConfig, который в лесе учётных записей создаёт специальный объект в разделе конфигурации. Этот объект содержит указатель на ldap-каталог, который будет обслуживать запросы к службе автообнаружения для клиентов, которые используют SCP (фактически – все доменные рабочие станции). Объект находится по следующему пути:
CN=ExchangeOrganization,CN=Microsoft Exchange Autodiscover,CN=Services,CN=Configuration,DC=domain,DC=local. Интересны в нём два атрибута: keywords и serviceBindingInformation. В последнем содержится адрес ldap-каталога, у которого клиент запросит адреса SCP. В первом – строки вида Domain=smtp.domain. Если лес учётных записей содержит учётки, которые будут в атрибуте mail содержать разные smtp-домены, то все эти домены необходимо будет внести построчно в формате Domain=smtp.domain в атрибут keywords.

Полезные ссылки:
How to Configure the Autodiscover Service for Multiple Forests